私たちの組織は、図式で説明するのが最も理解し易いと思うが、現時点では機構改革の途中であるため、組織図はまだ総会未承認で発表できない。いずれ、教団の機構が整理された後に、図式化して公表できるであろう。そこで、出来る限り平易に言葉で組織を説明することとする。
1.総会
日本アッセンブリーズ・オブ・ゴッド教団の最高意思決定機関である。51名の代議員によって構成され、通常11月理事会の翌週に開催される。総会では三年毎に理事長、理事、監事等の執行部（役員）を選出する。その他、総会では前年度報告と新年度方針・計画・予算等の審議と共に、諸種の議案が提出され審議される。
2.理事会
日本アッセンブリーズ・オブ・ゴッド教団の執行部である。総会で承認された方針と計画に基づき組織運営を行なう。理事者は7名で、通常毎月理事会を行なう。理事会の職掌内容の主なものは、
- 方針案・予算案の決定。
- 総会で決定された年間活動の推進。
- 総会準備と開催。
- 宗教法人法に基づく諸事務管理。
- 財産の管理と運用。
- 教職人事。
- 教職の福利厚生及び研修。
- 日本アッセンブリーズ・オブ・ゴッド教団 本部・教区・教会間の諸調整。
- 外国及び関係諸団体との交渉、等である。
3.各局・各部
理事会の下に、日本アッセンブリーズ・オブ・ゴッド教団の目的である伝道と教会形成を推進するために、以下のように、局・部・委員会・室が置かれている。
- 総務局の下に 総務部、祈祷推進委員会
- 事務局の下に 災害対策室、本部施設管理員会、教団HP作業部会、IT推進委員会
- 財務局の下に 財務部
- 伝道局の下に 国内伝道部、海外伝道部、ろう者伝道部、青少年伝道部
- 教育局の下に 教会教育部
- 教職局の下に 厚生部、教職ケア室、女性活躍推進室、コンプライアンス委員会
局に属さない理事会直轄の組織として、企画室、宣教戦略室、宣教研究所、国際関係室が置かれている。
4.教区・支部
理事会の下に、11教区・1支部が置かれ、地域ごとの教会の協力・交流を担っている。北から、北海道教区、東北教区、関東北東教区、関東南西教区、東海教区、北陸教区、関西教区、中国教区、四国教区、九州教区、沖縄教区、そして在日ブラジル人支部（ブラジル言語教区）がある。
5.中央聖書神学校
キリストの福音宣教、教化を推進する伝道者を養成し、併せて教会奉仕者の訓練を行い、かつ宣教及び教会形成のための神学研究を行なうための神学校である。神学校の運営は、日本アッセンブリーズ・オブ・ゴッド教団理事会・総会・学校責任者・宣教師団・後援会等から選出された9名の学校理事者により構成される学校理事会が責任を持っている。
組織の目的は、福音の宣教と教会形成にある事を付言しておく。以上。